Существует нет direct способ сказать git, какой закрытый ключ использовать, потому что он полагается на ssh для аутентификации репозитория. Тем не менее, есть ещё несколько способов достижения вашей цели: 
Вариант 1: ssh-agent
Вы можете использовать ssh-agent для временной авторизации закрытого ключа. 
Например: 
$ ssh-agent sh -c 'ssh-add ~/.ssh/id_rsa; git fetch user@host'
Вариант 2: GIT_SSH_COMMAND
Передайте аргументы ssh с помощью переменной окружения GIT_SSH_COMMAND (Git 2.3.0+). 
Например: 
$ GIT_SSH_COMMAND='ssh -i ~/.ssh/id_rsa -o UserKnownHostsFile=/dev/null -o StrictHostKeyChecking=no' \
  git clone user@host
Вы можете ввести все это в одной строке - игнорируйте $ и не указывайте Существует **нет _direct_ способ** сказатьgit, какой закрытый ключ использовать, потому что он полагается наssh` для аутентификации репозитория. Тем не менее, есть ещё несколько способов достижения вашей цели: 
Вариант 1: ssh-agent
Вы можете использовать ssh-agent для временной авторизации закрытого ключа. 
Например: 
$ ssh-agent sh -c 'ssh-add ~/.ssh/id_rsa; git fetch user@host'
Вариант 2: GIT_SSH_COMMAND
Передайте аргументы ssh с помощью переменной окружения GIT_SSH_COMMAND (Git 2.3.0+). 
Например: 
$ GIT_SSH_COMMAND='ssh -i ~/.ssh/id_rsa -o UserKnownHostsFile=/dev/null -o StrictHostKeyChecking=no' \
  git clone user@host
Вы можете ввести все это в одной строке - игнорируйте $ и не указывайте . 
Вариант 3: GIT_SSH
Передача аргументов ssh с помощью переменной окружения GIT_SSH для указания альтернативного двоичного ssh. 
Например: 
$ echo 'ssh -i ~/.ssh/id_rsa -o UserKnownHostsFile=/dev/null -o StrictHostKeyChecking=no $*' > ssh
$ chmod +x ssh
$ GIT_TRACE=1 GIT_SSH='./ssh' git clone user@host
Примечание: Вышеуказанные строки являются командными строками оболочки (терминала), которые вы должны вставить в ваш терминал. Они создадут файл с именем ssh, сделают его исполняемым и (косвенно) выполнят его. 
Замечание:  GIT_SSH доступен с версии v0.99.4  (2005). 
Вариант 4: ~/.ssh/config
Используйте файл ~/.ssh/config, как предложено в других ответах, чтобы указать расположение вашего закрытого ключа, например 
Host github.com
  User git
  Hostname github.com
  IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
```.