Вот краткая информация о местоположении (ключи и файлы реестра):
** Уровень пользователя (реестр):**
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\SystemCertificates
: Содержит сертификаты настроек для текущего пользователя.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Policies\Microsoft\SystemCertificates
: Как и предыдущее местоположение, но это соответствует сертификатам пользователя, развернутому GPO (групповая политика).
HKEY_USERS\SID-User\Software\Microsoft\SystemCertificates
: Соответствует конфигурации определенных пользовательских сертификатов. Каждый пользователь имеет свою ветвь в реестре с SID (Security Identifier).
Компьютерный уровень (реестр):
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\SystemCertificates
: Содержит сертификаты настроек для всех пользователей компьютера.
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Policies\Microsoft\SystemCertificates
: Как и предыдущее местоположение, но это соответствует компьютерным сертификатам, развернутым GPO.
Сервисный уровень (реестр):
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Cryptography\Services\ServiceName\SystemCertificates
: Содержит сертификаты настроек для всех служб на компьютере.
** Уровень Active Directory (реестр):**
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\EnterpriseCertificates
: Сертификаты, выданные на уровне Active Directory.
И есть несколько папок и файлов, соответствующих хранилищу сертификатов Windows.
Папки скрыты, а публичные и закрытые ключи расположены в разных папках.
Сертификаты пользователя (файлы):
%APPDATA%\Microsoft\SystemCertificates\My\Certificates
%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Crypto\RSA\SID
%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Credentials
%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Protect\SID
Сертификаты компьютера (файлы):
C:\ProgramData\Microsoft\Crypto\RSA\MachineKeys
Извлеченные из: http://www.sysadmit.com/2017/10/windows-donde-se-guardan-certificados.html