Вы не говорите нам, но я думаю, что вы используете Adobe Acrobat, чтобы “обрезать” ваш PDF/A? Какая именно версия?
В любом случае, в настройках Preferences > Document вы можете отключить Display PDF/A в PDF/A-mode.
После этого синяя горизонтальная полоса, информирующая вас о свойстве PDF/A файла в верхней части каждой страницы, исчезнет, и можно будет манипулировать файлом. (Возможно, вам понадобится открыть PDF заново).
После манипулирования (и сохранения) свойство PDF/A все равно будет потеряно.
Просмотр файлов PDF/A в режиме PDF/A предотвращает изменение файла Acrobat (так как PDF/ A предназначен для a rchiving).