Да, они разные. Display Port - это пассивная аудио/видео технология, Thunderbolt - активная технология общих данных. Аппаратное обеспечение внутри кабеля необходимо для получения полной пропускной способности. Кабель Display Port будет переносить Видео/Аудио только на подключенный monitors*, в то время как Thunderbolt кабель способен переносить все виды других данных, которые требуются для вашей док-станции с несколькими типами портов.
Хотя подключение одного монитора к Thunderbolt с помощью кабеля Thunderbolt с помощью мини-DP - это конец цепочки.
Для прокладки цепи Thunderbolt должен быть проложен по всей длине кабеля.
Смотрите Технология внутри кабеля Thunderbolt за 50 долларов Apple
Thunderbolt несет видео Displayport 1.1a, и не будет работать с некоторыми новыми мониторами, в том числе с 4k мониторами. Для питания 4k мониторов понадобится как минимум DP 1.2 специальные кабели. Thunderbolt также передает данные - 4 высокоскоростных канала PCI-E - в дополнение к DP 1.1a.
*: Или на несколько мониторов - все устройства поддерживают DP 1.2 с MST.